截至2014年底，经过近两年的集中治理，教育部实现了对75所直属高校科研经费管理检查全覆盖。其中，对60所高校进行了专项检查，对15所高校进行了巡视检查，累计抽查了716个科研项目，严肃查处了一批典型案件，加快形成科研经费监管新常态。
在专项检查和巡视检查中，检查组发现了一些共性和个性的问题。一些高校预算编制不规范，对重大项目经费预算编制缺乏指导；一些高校对支出真实性审核不严。个别高校对科研外协项目管理宽松，对外转账审核不严、把关不到位，对用科研经费购买的设备等资产未登记入账，对大额测试化验加工费未建立审核程序。有的项目只提供了测试合同，没有测试结果。
目前，第一批检查高校对检查发现的255个问题已完成整改，第二批检查发现问题226个，正在进行整改。今年，教育部将对高校整改情况进行“回头看”，检查落实情况。同时，对在检查中发现的违纪违法线索进行严肃查处，进一步完善科研经费管理体制机制。
据悉，教育部将加快形成科研经费监管新常态，建立直属高校科研经费检查长效机制，以问题为导向，加强日常抽查和“点穴式”检查，从抽查项目暴露的问题倒逼高校健全管理机制制度，进一步完善科研经费管理体制机制。